Chargez les chaînes. Utilisez le menu Alignement et l'option Do complete alignement. Choisissez votre dossier personnel pour enregistrer les fichiers (ou le bureau). Vous pouvez enregistrer tout de suite l'arbre qui servira dans la deuxième partie : menu Tree, option Draw N-J Tree (choisissez votre dossier personnel ou le bureau). Un fichier .ph est créé.

Supprimer les chaînes ε, ζ et myoglobine, inutiles pour cette question (menu Edit option Cut Sequences après avoir sélectionné les 3 chaînes en cliquant sur leur nom à gauche).

Supprimez aussi deux autres chaînes. Mettez à jour l'alignement : menu Alignement et option Do complete alignement.

Comptez les différences en haut de la fenêtre supérieure (tout ce qui n'est pas une *) ou avec la règle. La longueur de référence pour les comparaisons comprenant la chaine α est de 149 acides aminés et de 147 acides aminés entre les chaines β, γ et δ .

Recommencez avec un autre couple (il y a 6 possibilités).

Vous pouvez ouvrir l'application en cliquant directement sur un fichier .ph généré par Clustal X, sinon utilisez le menu File, option Open pour charger un fichier.

Cliquez sur ou sélectionnez le menu Tree option Phylogram. Choisissez le menu Tree option Define Outgroup; faites passer la myoglobine dans l'outgroup en la sélectionnant et en cliquant sur >> Choisissez ensuite l'option Root with Outgroup du même menu : l'arbre phylogénique est terminé !

Le logiciel permet de construire une matrice des des différences. Renomez les fichiers de séquence avec l'extension .pir pour pouvoir les charger.

Ce logiciel trace aussi des arbres Phylogéniques