L'origine de l'Homme moderne reste mystérieuse. Est-il apparu en un ou plusieurs endroits simultanément ? Trois hypothèses tentent d'expliquer comment la seule espèce Homo sapiens s'est imposée partout dans le monde après son apparition, il y a entre 100 000 et 150 000 ans.

Hypothèse 1
Selon le modèle "Arche de Noé" l'homme moderne, Homo sapiens sapiens, aurait évolué en Afrique dont il serait originaire. Son crâne au front haut et court et son squelette à l'ossature légère se seraient développés au sein d'une population déterminée. L'homme moderne se serait déplacé et répandu dans le reste de l'Ancien Monde, il y a 200 000 à 400 000 ans, remplaçant les Homo erectus, les Homo sapiens archaïques et les Néandertaliens, sans qu'il y ait mélange génétique avec ses prédécesseurs.

Hypothèse 2
Selon l'hypothèse "multirégionale", la lignée humaine se serait différenciée hors d'Afrique, dont elle est originaire, entre 1,7 et 0,7 million d'années, à partir d'Homo erectus. La forme de son crâne et son ossature constitueraient l'aboutissement de tendances évolutives anciennes menant inexorablement à l'aspect des humains actuels. L'homme moderne aurait ainsi évolué à partir de formes archaïques d'Homo sapiens dans les régions colonisées par Homo erectus, et le Néandertalien serait un Homo sapiens archaïque localisé en Europe et en Asie occidentale. II y aurait donc mélange de populations et maintien d'un flux génétique pour conserver la continuité sur de vastes régions. Ainsi les traits caractéristiques des différentes populations actuelles ont évolué au cours de périodes très longues, dans les régions que ces groupes habitent aujourd'hui.

Hypothèse 3
Selon le modèle "réticulaire" les populations modernes sont issues de lignées anciennes, dont les apports génétiques aux populations locales diffèrent selon les régions, et l'apparition des hommes modernes correspond à un mélange accru de ces contributions.