La présence de mercure dans la vallée de la Thur en Alsace est connue depuis longtemps et fait l'objet d'une surveillance régulière dans l'eau, les sédiments* des berges et la faune aquatique. A Vieux-Thann, dans la vallée de la Thur, une usine produit du chlore depuis 1927. Cette production s'accompagne de rejets de mercure. Dans les années 1970, les rejets de mercure dans l'environnement étaient de l'ordre d'une tonne par an. Actuellement, les rejets du site sont dix fois moins importants, avec environ 127 kg par an, dont 100 kg dans l'atmosphère et 27 kg dans la Thur, ce qui représente des émissions inférieures aux seuils limites maximaux fixés par l'arrêté préfectoral autorisant l'exploitation.

Des épisodes de pollution ponctuelle intense ont marqué l'histoire de la vallée de la Thur et des cours d'eau qu'elle alimente (III, Rhin) :
- pendant la seconde guerre mondiale, le bombardement de l'usine a conduit à une dispersion importante de mercure dans la vallée avec accumulation dans les sédiments des berges ;
- en 1973, une importante pollution accidentelle a entraîné une forte mortalité des poissons jusque dans le Rhin.

Début 2006, des teneurs en mercure supérieures aux seuils fixés par la règlementation ont été découvertes dans la chair de poissons pêchés dans la Thur et l'Ill. La contamination des poissons est probablement le résultat d'une combinaison complexe de sources, incluant les rejets actuels du site et la pollution historique de la vallée. Des épisodes climatiques particuliers (crues, pluies importantes...) peuvent conduire à un passage de mercure des berges vers les cours d'eau. On recherche actuellement des dispositifs permettant de limiter l'exposition des personnes. Le risque concerne notamment les enfants en bas âge et les femmes enceintes ou allaitantes qui sont plus particulièrement sensibles à l'ingestion de mercure. En conséquence, la mise sur le marché et la consommation de poissons pêchés dans l'Ill et dans la Thur sont interdites en Alsace.